En la actual Iglesia del Santísimo Cristo, de estilo gótico del siglo XII, los suelos están acristalados en parte, lo que permite ver el yacimiento con antiguos restos romanos.
Declarada Bien de Interés Cultural en 1931 y después sufrió una gran modificación, debido al incendio de 1941.
La que al comienzo de la Edad Media fuera Abadía de Sancti Emeritii et Celedonii, y posteriormente iglesia colegial de los Cuerpos Santos, se convirtió en 1754 en Catedral de la nueva diócesis de Santander.
En torno a la vieja abadía se creó a lo largo del periodo medieval un núcleo de población, Sant Ander, que hoy es la actual capital de Cantabria.
La iglesia baja (actual parroquia de Cristo) se conserva en su integridad, y está formada por tres naves de cuatro tramos, más los ábsides de cabecera de factura algo posterior al resto.
Puede sorprender lo robusto de las pilastras y arcos para bóvedas tan bajas, pero debe considerarse que también soportan a la iglesia superior.
Por condicionantes del terreno esta primera iglesia se abre al Norte mediante un ventanal flanqueado por sendas puertas, todo ello cobijado por un atrio de la misma época. La mayoría de la decoración de los capiteles y claves son de carácter vegetal, aunque también existen elementos con iconografía simbólica, estos últimos son más frecuentes en las capillas y en la recientemente descubierta Puerta del Perdón, vinculada a los ritos de peregrinación y jubileo.
Durante los años 1982 y 1983, se realizaron excavaciones arqueológicas en el suelo de esta iglesia baja; una parte de los cien metros cuadrados en los que se trabajó puede contemplarse a través de un pavimento de cristal de la nave Norte. Allí aparecieron abundantes restos del primitivo asentamiento romano, entre los que destacan instalaciones termales e importantes fortificaciones. La cámara del horno romano fue el recinto donde se guardaron las cabezas de los mártires Emeterio y Celedonio durante la Edad Media, y en torno a la que se construyeron las sucesivas iglesias anteriores a la actual, cuyos vestigios pudieron reconocerse durante las excavaciones.
Además de las cabezas y de ‘varias composiciones de cuerpos de santos’, durante las excavaciones citadas, pudo comprobarse la existencia de una gran concentración de restos humanos en torno al lugar donde reposaban las cabezas de los Mártires. Este fenómeno, común con otras iglesias creadas sobre el sepulcro de un santo (San Pedro de Roma, Santiago de Compostela…), nos evidencia, tanto que las reliquias eran el más importante referente de la población a la que dieron origen y nombre, como la fe de sus gentes, que junto a ellas quisieron esperar la Resurrección.
Desde que en 1533, ante el avance del protestantismo, se realizó la ‘profanación piadosa’ de la tumba, al fin de recuperar las cabezas al culto, éstas, encerradas en sendos relicarios de plata, permanecieron en la iglesia baja, a donde han vuelto en nuestros días, y desde donde se sacaban en procesión hasta el altar de la iglesia superior en las grandes fiestas.
El edificio ha sufrido dos ampliaciones. La primer tuvo lugar en los siglos XVI y XVII mediante la construcción de capillas periféricas, la segunda y más importante, se hizo después de la ruina ocasionada por el incendio que destruyó la ciudad en febrero de 1941.
La catedral que se abrió de nuevo al culto en 1953 casi duplica la capacidad del edificio original, gracias al añadido de crucero, cimborrio, ábside y girola. La reconstrucción respetó y mantuvo el estilo gótico de la parte recuperada. correspondiente a las navas, mientras que introdujo en los añadidos discretos elementos clasicistas para que se distinguieran de la parte primitiva.
La escueta decoración se limita a ménsulas, capiteles, claves y algún friso, tanto de carácter vegetal como historiado, una parte de los cuales son réplicas de los anteriores calcinados o bien nuevos temas incorporados.
Destaca la abundancia decorativa concentrada en las jambas de la puerta de acceso, donde se encuentran los más antiguos escudos reales de castillos y leones de España.
Según se entra en la iglesia, la primera capilla a mano derecha fue construida en 1624 por Fernando Herrera Calderón. La siguiente tiene la advocación de la Bien Aparecida, y la edificó don Juan Alvarado hacia 1604. La última de esta nave, estaba dedicada a la Virgen del Carmen; se concluyó en 1622 a cargo de Sebastián de la Puebla.
En el arranque de la girola, junto a la puerta de la sacristía, hay un pila marmórea circundada por poética inscripción árabe que, según la tradición, fue traída a la iglesia por los marinos cántabros conquistadores de Sevilla.
En alto sobre ella se encuentra una tribuna decorada con un fresco del pintor José Cataluña; representa la construcción de la vieja iglesia por el rey Fernando III el Santo, cuyo hijo y hermano de Alfonso X, el infante don Sancho, fue abad de esta iglesia.
La Capilla Mayor o presbiterio, de nueva construcción, está constituida por los elementos litúrgicos más destacados de la iglesia. El altar exento, cuyo relicario recoge la antigua inscripción de origen medieval Multa Corpora Sanctorum hic sepulta sunt ( Aquí están sepultados muchos cuerpos santos), que justificaba el nombre de la vieja Colegial de los Cuerpos Santos. La cátedra episcopal, razón de ser de la propia catedral.
El coro del cabildo de canónigos, procedente del monasterio de San Jerónimo el Real de Madrid. El retablo barroco que se trajo de Tamariz de Campos durante la última reconstrucción, al que se han añadido las imágenes actuales esculpidas por Alangua de la Virgen de la Asunción y de los Santos Emeterio y Celedonio, titulares de la Iglesia. En la girola hay sendos altares dedicados a Fernando III, el fundador, y a San Matías, apóstol a quien hizo voto la villa por su intercesión durante la terrible peste concluida en 1503. Rodean al cimborrio por el exterior las estatuas monumentales en piedra de los cuatro evangelistas, labradas por Villalobos.
En la nave del Norte, a la altura del crucero, se encuentra la tumba del polígrafo santanderino Marcelino Menéndez y Pelayo, obra del escultor Victorio Macho.
La siguiente capilla, volviendo hacia los pies de la iglesia, antiguamente llamada del Rosario, fue concluida por el proveedor de las armadas reales Fernando de la Riva Herrera, en 1628, y sobre su altar destaca el espléndido expositor de plata sobredorada, obra de maese Calvo de Burgos. Sobre la pared del fondo está la escultura orante del Obispo Sánchez de Castro, allí enterrado. Actualmente es la capilla donde está reservado el Sacramento.
A continuación hay otras dos capillas ocupando el espacio de los antiguos palacios abaciales. A los pies de la iglesia se encuentran: en primer lugar la capilla penitencial, anteriormente de San Matías; en la nave central hay una vieja pila bautismal procedente del pueblo de Colsa, en el valle de Cabuérniga, y, en fin, a la izquierda de la puerta, está la capilla fundada por Antonio de Azoños Escobedo en 1671, cuyo altar barroco cobija una buena copia de la Visitación de Rafael.
Todos los ventanales cuentan con vitrales contemporáneos de buena factura, dedicados a diversas advocaciones relacionadas con la historia del templo.
Su edificación se inició por la nave norte, la que cobija la puerta de la iglesia, y la última en alzarse fue la del sur, que hace poco más de cien años caía sobre el mar. Estas naves se cierran a la parte del jardín por galerías arqueadas y con esbeltos parteluces, reforzados con posterioridad mediante robustos arcos escarzanos. Todas las naves estaban jalonadas de capillas, entre las que destacaban dos: la de San Pedro, situada en el extremo sureste, donde se celebraban los concejos generales de la villa, y la de Santiago, construida por la importante familia de armadores reales de los Escalante, en el siglo XIV, a la parte de Poniente; en el parámetro de esta misma nave se abría la puerta del hospital de Sancti Spiritus, que ya estaba allí a comienzos del siglo XIV.
Hoy se conservan en el claustro un buen número de bultos sepulcrales de abades y caballeros, procedentes tanto de las dos iglesias descritas como de otras de la jurisdicción de la ciudad, así como claves y capiteles tallados recuperados durante la reconstrucción.
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